Преподобный Серапион Псковский родился в Юрьеве (ныне Тарту), который тогда находился под властью немцев, старавшихся искоренить Православие.

Его родители были прихожанами русской церкви во имя святителя Николая. Преподобный Серапион был сведущ в Священном Писании и не раз выступал в защиту Православия. Когда его хотели обратить в чужую веру насильно, он ушел в Толвскую пустынь, недалеко от Пскова, где начинал свои молитвенные труды псковский подвижник преподобный Евфросин (память 15 мая). Под его окормлением преподобный Серапион стал постигать мудрость пустынного жития. Но вскоре ему пришлось пережить искушение: положившись на собственные силы, он хотел без благословения покинуть своего наставника и в полном уединении начать самостоятельную подвижническую жизнь. Однако Господь вразумил неопытного послушника: сильно поранив ногу, преподобный Серапион раскаялся в своеволии и непослушании и вернулся к старцу. Приняв великую схиму, он 55 лет неотлучно пребывал с преподобным Евфросином, строго соблюдая обет безмолвия. Постепенно вокруг преподобного Евфросина стала собираться братия, для которой старец построил храм во имя Трех Святителей и дал скитский устав. Преподобный Серапион ревностно исполнял все его заповеди и был образцом для иноков. Преподобный так строго исполнял монашеский обет нестяжания, что списатель жития называет его «мертвецом непогребенным». Ко всякой обиде он относился с исключительным смирением, всегда обвиняя лишь себя самого, и сам просил прощения у своего обидчика. Преподобный глубоко чувствовал силу общей церковной молитвы и говорил, что «чин двенадцати псалмов», пропетый наедине в келлии, не может равняться одному «Господи, помилуй», пропетому в храме.

Преподобный Серапион скончался 8 сентября 1480 года, в день праздника Рождества Пресвятой Богородицы. Так как день преставления преподобного Серапиона совпадает с двунадесятым праздником, память его творится 7 сентября. Преподобному составлены тропарь и кондак.

Преподобный Евфросин сам предал земле тело своего ученика, которое от усердных подвигов превратилось в «кости, обтянутые кожей». Со своим духовным отцом преподобный Серапион не разлучался и после смерти: преподобным Евфросину и Серапиону, святые мощи которых были положены рядом, составлена общая служба на 15 мая, где преподобный Серапион прославляется как первый сподвижник, «спостник и друг» преподобного Евфросина.